Notario de Villafranca, escribano, secretario y protonotario del Consejo Real de Aragón, y protonotario y tesorero general del Reino de Navarra. Hijo de Martín Vallés, vecino de Villafranca (Navarra), con orígenes familiares aragoneses y relaciones de parentesco tanto en Alfaro (La Rioja) como en Milagro (Navarra). De familia más o menos acomodada, en 1516 ejercía como notario en Villafranca hasta que, en 1519, marchó al servicio del rey Carlos I, dejando toda su documentación notarial a cargo de su padre. Las actividades ejercidas por Juan Vallés en la órbita del monarca Habsburgo están vinculadas a la Cancillería aragonesa, actuando como escribano de mandamiento, secretario, y, muy fugazmente, como protonotario del Consejo Real de Aragón. Al igual que otros funcionarios de la Cancillería aragonesa, desarrolló su actividad burocrática en diferentes territorios europeos —Inglaterra, Alemania, Flandes e Italia—, ocupaciones que le facilitaron relacionarse con las elites intelectuales de su tiempo. Su nombramiento como tesorero general de Navarra, tras la renuncia de Luis Sánchez, quien pasó a regir la Tesorería General de Aragón, es del 1 de septiembre de 1528, y por cuyo ejercicio se le asignaron 750 libras anuales. Este ascenso motivó su inmediata renuncia al cargo de protonotario, que recayó en Martín de Echaide. La llegada de Vallés a la Tesorería supone un período de adaptación personal y un proceso de reorganización interna del oficio tras su toma de posesión. Durante los últimos años de vida, el tesorero gozaba de una precaria salud. En noviembre de 1557, Leonor de Austria y María de Hungría solicitaron a su sobrino Felipe II el cargo de tesorero del Reino para Martín de Gaztelu, “el qual nos ha hecho relación que tiene aviso que en Navarra estava tan al cabo Joan Valles que podría ser que fuesse muerto”. No obstante, parece que las noticias habían sido exageradas puesto que se restableció de sus dolencias. A mediados de 1562, falleció su esposa, Catalina de Marañón; él lo hizo poco tiempo después, el 4 de abril de 1563. De su matrimonio con Catalina de Marañón no tuvo hijos. Dos de sus tres vástagos (Juan —casado en 1552 con Ana de Oroz—, y Francisca —casada con el regente de su padre en la Tesorería, Juan de Sada—) probablemente nacieron fuera de Navarra, antes de casar, mientras que la menor (Isabel —casada en segundas nupcias con el notario de Pamplona Beltrán de Amátriain—) parece que nació una vez ya desposado. La madre de sus tres hijos era una tal Ángela, su criada durante un tiempo. Los últimos años de su vida los dedicó a la preparación de su tercera y última obra: Regalo de la Vida Humana, pero pese a sus esfuerzos no logró terminarla.