Estudió Teología en las Universidades de Coimbra y Évora, en las que enseñó Filosofía, convirtiéndose en la principal autoridad filosófica de la época en la que se apoyó el curso de los Conimbricenses. Durante tres años fue rector de la Universidad de Coimbra y en 1570 fue promovido como catedrático de Teología en la Universidad de Évora. De 1573 a 1592 ejerció altos cargos religiosos, desde asistente del prepósito general de su Provincia a Visitador General de Portugal. Pasó sus últimos años como superior de la Casa profesa de Lisboa dedicado a obras de beneficencia. Las textos de Fonseca son en su mayoría de carácter filosófico, dedicado en especial al estudio de la "Metafísica" de Aristóteles. Su intención no era la de crear unos comentarios al texto aristotélico, sino presentar la doctrina metafísica de la manera más completa y consistente posible. Pedro de Fonseca es considerado el fundador de la "Ciencia media divina" o tercera ciencia, situada entre la ciencia de simple inteligencia y la ciencia de contemplación o visión.
Resumen biográfico extraído de Wikipedia en español: <blockquote>"Pedro da Fonseca (Cortiçada, 1528 - Lisboa, 1599) fue un filósofo y teólogo jesuita portugués, conocido en su época como el Aristóteles portugués. Fue catedrático de Filosofía en la Universidad de Coímbra. Fue profesor de griego y árabe y su erudición produjo una serie de ideas en relación con los asuntos desarrollados por Tomás de Aquino y Aristóteles. Sus obras principales versan sobre lógica y metafísica."</blockquote>
Abstract from English Wikipedia: <blockquote>"Pedro da Fonseca (Proença-a-Nova, 1528 - Lisbon, 4 November 1599) was a Portuguese Jesuit philosopher and theologian. His work on logic and metaphysics made him known in his time as the Portuguese Aristotle; he projected the 'Cursus Conimbricenses' realized by Manuel Góis and others."</blockquote>