Con el apoyo del concejo de Basilea y privilegiados por el Papa Pío II, la universidad de Basilea fue fundada en 1460 (siendo en la actualidad, la universidad más antigua de Suiza). Originalmente, constaba de tres facultades principales (la divinidad, leyes y medicina), además de una facultad de artes. La biblioteca de la universidad fue fundada en 1622, comprendiendo la colección existente de la universidad y los ejemplares de algunos claustros secularizados, siendo en la actualidad una de las más importantes de Europa. En 1889, se toma la decisión de admitir a mujeres en las facultades, siendo en 1890 aceptada la primera en la historia de la universidad. Erasmo, Paracelso, Daniel Bernoulli, Jacob Burckhardt, Leonhard Euler, Friedrich Nietzsche, Eugen Huber, Tadeus Reichstein, Werner Arber y Carl Jung son algunos de los nombres asociados a esta universidad. Más recientemente se puede agregar al teólogo protestante Karl Barth, considerado por protestantes y católicos el más importante del siglo XX.