En 1569, fue enviado a la ciudad peruana de Lima. Participó en la fundación de algunas Universidades, como las de Chuquisaca, Potosí, Panamá y La Paz. Sus deberes como religioso le obligaron a viajar por gran parte del territorio, lo que le permitió adquirir un gran conocimiento tanto de la región como de sus habitantes. Sus obras fueron muy alabadas por los naturalistas del siglo XVIII debido al amplio y profundo conocimiento que poseía de la flora de América del Sur Occidental. Entre ellas destacan "De Natura Novi Orbis", "De promulgatione Evangelii apud Barbaros", "De Procuranda Indorum salute" y, muy especialmente, "Historia natural y moral de las Indias", cuyo título completo es "Historia Natural y Moral de las Indias. En que se tratan las Cosas notables del Cielo y elementos, metales, plantas y animales de ellas y los ritos, ceremonias, leyes y gobierno y guerras de los indios". Su obra se tradujo rápidamente a muchas lenguas, entre ellas, la inglesa, alcanzando una repercusión considerable entre los científicos británicos. Robert Boyle en concreto le cita con gran elogio, denominándolo sapientísimo en una de las obras fundamentales de todos los tiempos: "El químico escéptico". Tanto Newton como Boyle se admiraron del descubrimiento de la fluorescencia por parte de Monardes y difundido por Acosta a la que se supuso dar explicación. Las ediciones españolas son diez, pero sus traducciones al italiano, francés, alemán, inglés, holandés e incluso latín, han hecho de esta obra una de las más populares y ampliamente conocidas en Europa de cuantas se escribieran en el siglo XVI sobre el Nuevo Mundo. Pero, además, su mentalidad abierta y científica le hace observar detenidamente la geografía y naturaleza del Nuevo Continente, de las que dio buena cuenta en sus obras sobre la naturaleza americana "De Natura Novi Orbis" y "De Procuranda Indorum salute", compendio de geografía, filosofía natural, botánica y zoología. Alexander von Humboldt (1769-1859), una de las personalidades científicas más relevantes de la historia, tomó el sistema descriptivo de la Historia Natural y Moral de las Indias como base para la elaboración de sus ideas y la utilizó para la creación de su obra más importante: "Cosmos".
Resumen biográfico extraído de Wikipedia en español: <blockquote>"José de Acosta (Medina del Campo, a comienzos de octubre de 1540 - Salamanca, el 15 de febrero de 1600) fue un jesuita, antropólogo y naturalista español que desempeñó importantes misiones en América a partir de 1571, año en que emprende su viaje al Perú sosteniendo que los indígenas americanos habrían llegado a dicho continente a través de Siberia. Además de la narración de las aventuras de un lego en tierras americanas, reconocidas por los europeos como "Indias" (Peregrinación de Bartolomé Lorenzo), debe su fama de observador sagaz y lúcido expositor a Historia natural y moral de las Indias, obra publicada en Sevilla en 1590 y pronto traducida al inglés en 1604. En dicho libro observó las costumbres, ritos y creencias de los indígenas de México y Perú."</blockquote>
Abstract from English Wikipedia: <blockquote>"José de Acosta (1539 or 1540, Medina del Campo, Spain - February 15, 1600, Salamanca, Spain) was a sixteenth-century Spanish Jesuit missionary and naturalist in Latin America."</blockquote>