Sacerdote jesuita, políglota, erudito, estudioso orientalista, de espíritu enciclopédico y uno de los científicos más importantes de la época barroca. Era hijo del filósofo Johannes Kircher, un doctor en teología por la Universidad de Maguncia. Empezó estudiando humanidades en el colegio jesuita de Fulda e ingresó a los dieciséis años en el seminario jesuita de Paderborn, destacando en ciencias naturales y lenguas clásicas; en 1628 fue ordenado sacerdote de la Compañía de Jesús; allí fue donde aprendió griego y hebreo a la perfección y profundizó sus estudios de humanidades, ciencias naturales y matemáticas, complementándolos con filosofía en Colonia. En 1623, en Coblenza, enseñó griego y al tiempo de ordenarse sacerdote se había doctorado ya en teología. Viajó por Europa hasta instalarse en Roma (1635), de la que ya no se movería hasta su muerte, con la excepción de un importante viaje a Nápoles, Sicilia y Malta a fin de estudiar el vulcanismo. En 1638 estudió el Estrecho de Mesina. En Trapani y Palermo estudió los fósiles de "elefantes antediluvianos" o mamuts. Estudió las erupciones del Etna y del Stromboli y la terrible erupción del Vesubio en 1630 y cuando preparaba su vuelta a Nápoles le sorprendió el terrible terremoto que destruyó la ciudad de Euphemia. Descendió con una cuerda al cráter del Vesubio para determinar las dimensiones exactas del mismo y su estructura interna. Todos estos trabajos dieron lugar a su obra El mundo subterráneo (1664-1665). Además del vulcanismo, investigó el magnetismo, la luz y los fenómenos a ellos asociados (la piedra imán, el ojo, la óptica, las lentes, los espejos, la refracción, la linterna mágica...) Inventó el modelo que se considera más perfecto de esta última máquina, así como el arpa eolia, un instrumento musical de cuerda que sonaba solo con el paso de las corrientes de aire. Aficionado a la ciencia, inventor y coleccionista se le considera un erudito en diversos campos del saber en los que publicó diversos tratados: el estudio del chino, la escritura universal (Novum hoc inventum quo omnia mundi idiomata ad unum reducuntur, 1660) o el arte de cómo pensar. Destacó por su estudio sobre la lengua copta y su aplicación al desciframiento de los jeroglíficos egipcios.