Estudió en la Universidad Real y Pontificia de Ciudad de México. En 1672 asumió el cargo de catedrático de astrología y matemáticas, en el puesto que había ocupado Diego Rodríguez 30 años antes; lo ocupó durante 20 años realizando contribuciones notables, mientras desempeñaba simultáneamente el cargo de capellán del Hospital del Amor de Dios. Fundamentaba rigurosamente sus argumentos sobre los cometas según los conocimientos científicos más actualizados de su tiempo; contra el tomismo y el aristotelismo del padre Eusebio Kino citaba autores como Copérnico, Galileo, Descartes, Kepler y Tycho Brahe. En 1691 cayeron en México intensas lluvias que anegaron los campos y amenazaron con inundar la ciudad. Como consecuencia de toda esa humedad, se produjo una plaga que consumió los trigales y que se debió a un insecto semejante a la pulga, el chiahuiztli, que Sigüenza descubrió mediante el uso de un aparato precursor del microscopio. En 1681 Sigüenza escribió el libro <i>Manifiesto philosóphico contra los cometas despojados del imperio que tenían sobre los tímidos</i>, en que trataba de calmar el temor supersticioso que provocaba en la gente este fenómeno cósmico. Como cosmógrafo real de la Nueva España trazó mapas hidrológicos del Valle de México. En 1693 fue enviado por el virrey como acompañante del almirante Andrés de Pez en un viaje de exploración al norte del Golfo de México y, en especial, a la península de Florida, donde trazó mapas de la bahía de Pensacola y de la desembocadura del río Misisipi.
Resumen biográfico extraído de Wikipedia en español: <blockquote>"Carlos de Sigüenza y Góngora (México; 15 de agosto de 1645 - 22 de agosto de 1700) fue uno de los primeros grandes intelectuales nacidos en el virreinato de la Nueva España, polímata, historiador y escritor, que ocupó numerosos puestos académicos y gubernamentales. Dirigió las excavaciones en Teotihuacan en 1675 que fueron las primeras excavaciones arqueológicas llevadas a cabo en México en el tiempo colonial."</blockquote>
Abstract from English Wikipedia: <blockquote>"Don Carlos de Sigüenza y Góngora (August 14, 1645 - August 22, 1700) was one of the first great intellectuals born in the Spanish viceroyalty of New Spain. He was a criollo patriot, exalting New Spain over Old. A polymath and writer, he held many colonial government and academic positions."</blockquote>